Los principios adoptados por la SUNAI, son: Independencia, concebida como la capacidad para actuar sin dependencia de otros órganos, teniendo autonomía normativa, administrativa y financiera; manejado a través de la actuación sin influencia político/partidista en el ejercicio de sus funciones; Transparencia, expresada mediante una actuación abierta al público en lo que se refiere a sus funciones e información de la gestión con calidad de datos auditado; Responsabilidad, demostrada por la obligación de los funcionarios de responder civil, penal y administrativamente de su actuación, así como responsabilidad en el ejercicio de la gestión y obligación de rendir cuentas a través de informes públicos ; y Oportunidad, en el sentido de que la actuación de la SUNAI debe practicarse con celeridad y a tiempo para facilitar la toma de decisiones.

La SUNAI ha asumido para la actuación de sus funcionarios los Valores siguientes: Profesionalismo, garantizado a través del ejercicio de la función con objetividad, imparcialidad, idoneidad y confidencialidad; Lealtad, expresada mediante una actuación del personal caracterizado por la fidelidad y nobleza ante la institución; Ética; definida como el conjunto de principios y normas morales que regulan las actividades humanas y que están presentes en nuestra organización; Integridad; asumida bajo la concepción de un trabajo realizado con honestidad y sinceridad.